事業再構築補助金【2026】
終了後の現在地と継続案件・後継制度の完全整理
新規公募は2024年度で終了。後継は新事業進出補助金。
目次（13セクション）
事業再構築補助金とは（制度の総括）
事業再構築補助金は、コロナ禍で売上が減少した中小企業の業態転換・事業転換・事業再編を支援するため2021年に創設された経産省系の大型補助金です。総予算は累計で約2兆円、第1回〜第13回までの累計採択件数は10万件超。日本の補助金史上、最大規模の制度の一つでした。
- 補助上限：最大1.5億円（特別枠）
- 補助率：1/2〜3/4（枠による）
- 要件：売上10%以上減少、付加価値額年率3%以上増加、認定支援機関の確認
2024年度終了の経緯と背景
第13回公募（2024年度）をもって新規公募が終了した背景には、①コロナ起点の制度目的が薄れたこと、②事業化率の低さ・不正受給疑義の顕在化、③政策の重心が「攻めの新規事業（新事業進出）」「人手不足対応（省力化）」「賃上げ」へ移ったこと、の3点があります。
事務局は中小機構から外部委託に切り替えられ、2026年現在は「事業終了案件のフォローアップ」「不正・不適切受給の追跡」「事業化状況報告の精査」へとリソースが集約されています。
採択された総数と業種別傾向
累計採択は約10万件、平均補助金額は約3,000〜4,000万円。業種別の採択傾向は以下のとおり。
| 業種 | 採択シェア（概算） | 典型的な再構築テーマ |
|---|---|---|
| 製造業 | 約25% | 新製品ライン・脱炭素設備 |
| 飲食・宿泊 | 約20% | テイクアウト・EC・体験型 |
| サービス業 | 約20% | 無人化・サブスク化 |
| 建設・不動産 | 約12% | リフォーム・空き家活用 |
| 小売 | 約10% | ECサイト・店舗業態転換 |
| その他 | 約13% | — |
採択済み案件が今やるべきこと
2026年時点で採択済みの事業者は、以下の3つのフェーズのいずれかに該当します。
- 事業実施中：交付決定済、補助対象経費の発注・支払い・実施。
- 実績報告・確定検査中：事業終了後、領収書・成果物・帳簿一式を提出。
- 事業化状況報告期間（5年間）：補助金交付後、毎年1回の状況報告。
必ずやること
Jグランツのアカウント維持、領収書・契約書の10年保存、付加価値額の毎年実績把握、計画変更時の事前申請。事務局は2026年以降も書類提出を求めるため、退職した経理担当者の引き継ぎが穴になりがちです。
補助金返還につながる5つの落とし穴
- 付加価値額の年率3%未達：3年連続未達で返還対象に。早期に計画変更申請すれば返還回避が可能。
- 事業中止・廃業：補助対象資産（建物・設備）を補助事業以外に転用すると返還。
- 領収書の不備・紛失：確定検査で領収書が揃わないと該当経費が補助対象外に。
- 事業化状況報告の未提出：5年間で1回でも提出を怠ると返還命令の引き金に。
- 補助対象資産の処分：耐用年数内の売却・廃棄は事務局承認が必要。無断処分は返還。
5年間の事業化状況報告の実務
補助事業終了後、毎年1回、Jグランツから事業化状況を報告します。提出項目は次のとおり。
- 新規事業の売上高（補助事業から生じた分）
- 付加価値額（営業利益＋人件費＋減価償却費）
- 給与支給総額（賃上げ要件達成の確認）
- 補助対象資産の利用状況
- 従業員数の推移
提出期限は事業終了の翌年度から起算。経理データと内部資料が必要なため、決算が確定する6〜7月にまとめて作業するのが実務の定石です。
後継制度（新事業進出補助金）への移行
新規に新規事業の補助金を取りたい事業者は、後継の新事業進出補助金を検討します。再構築の事業計画書をベースに以下を書き換えます。
- 動機部分：「コロナで売上減」→「市場機会の捕捉」
- 新規性の説明強化（製品×市場の2軸）
- 付加価値額3%＋賃上げ計画の明記
- 加点項目（パートナーシップ構築宣言・健康経営・賃上げ）の追加
代替の補助金マップ（用途別）
| 用途 | 適切な補助金 | 補助上限 |
|---|---|---|
| 新市場進出（攻め） | 新事業進出補助金 | 9,000万円 |
| 生産設備の革新 | ものづくり補助金 | 4,000万円 |
| 人手不足の自動化 | 省力化投資補助金 | 1億円 |
| 販路開拓（小規模） | 小規模事業者持続化補助金 | 200万円 |
| IT・SaaS導入 | IT導入補助金 | 450万円 |
| 採用・正社員化 | キャリアアップ助成金 | 1人80万円 |
公募回別の採択率推移（13回分の実データ）
事業再構築補助金は累計13回の公募が実施され、申請数・採択数・採択率の推移は中小企業庁が公表しています。傾向を読み取ると、後継の新事業進出補助金での戦略にも応用できます。
| 公募回 | 応募者数 | 採択者数 | 採択率 | 主な変更点 |
|---|---|---|---|---|
| 第1回 | 22,231 | 8,016 | 36.0% | 制度創設 |
| 第2回 | 20,800 | 9,336 | 44.9% | 緊急事態特別枠 |
| 第3回 | 20,307 | 9,021 | 44.4% | 最低賃金枠新設 |
| 第4回 | 19,673 | 8,810 | 44.8% | — |
| 第5回 | 21,035 | 9,707 | 46.1% | — |
| 第6回 | 15,340 | 7,669 | 50.0% | 回復・再生応援枠 |
| 第7回 | 15,132 | 7,745 | 51.2% | 通常枠採択率最高 |
| 第8回 | 12,591 | 6,456 | 51.3% | 過去最高採択率 |
| 第9回 | 9,369 | 4,259 | 45.5% | 物価高騰対応枠 |
| 第10回 | 10,821 | 5,205 | 48.1% | — |
| 第11回 | 9,207 | 2,437 | 26.5% | 事業類型大幅変更・成長分野へ転換 |
| 第12回 | 7,664 | 2,031 | 26.5% | 成長分野進出枠中心 |
| 第13回 | 3,100 | 1,101 | 35.5% | 最終公募・申請数最少 |
出典: 事業再構築補助金事務局 公式採択結果ページを編集部で集計（最終確認 2026-04-26）。応募者数は公募締切後の取下げ申請を含む合計。
大きな転換点は第11回（2023年公募）。「コロナ禍からの再構築」から「成長分野進出」への政策転換に伴い、事業類型が大幅に変更され、採択率が一気に約半分（51.3%→26.5%）に低下しました。この厳格化路線が、後継の新事業進出補助金にも引き継がれています。
第13回 事業類型別の応募・採択件数（公式実績）
| 事業類型 | 応募件数 | 採択件数 | 採択率 |
|---|---|---|---|
| 成長分野進出枠（通常類型） | 2,290 | 739 | 32.3% |
| 成長分野進出枠（GX進出類型） | 489 | 244 | 49.9% |
| コロナ回復加速化枠（最低賃金類型） | 321 | 118 | 36.8% |
| 合計 | 3,100 | 1,101 | 35.5% |
| 上乗せ措置（中長期大規模賃金引上促進） | 97 | 13 | 13.4% |
出典: 事業再構築補助金事務局「第13回公募の結果について（令和7年6月）」公表PDFより。
GX（グリーン・トランスフォーメーション）進出類型の採択率が49.9%と通常類型より約18ポイント高く、政策誘導が明確。脱炭素・省エネ関連の新規事業は採択優位。
第13回 業種別 応募・採択構成比（公式実績）
| 業種 | 応募構成比 | 採択構成比 | 業種別採択率（推定） |
|---|---|---|---|
| 製造業 | 22.9% | 33.8% | 約52.4% |
| 運輸業・郵便業 | 1.9% | 2.3% | 約42.9% |
| 建設業 | 13.4% | 14.2% | 約37.6% |
| 情報通信業 | 7.3% | 7.1% | 約34.5% |
| 卸売業・小売業 | 14.9% | 14.4% | 約34.3% |
| 医療・福祉 | 2.9% | 2.2% | 約26.9% |
| 学術研究・専門技術 | 8.2% | 6.2% | 約26.8% |
| 生活関連サービス・娯楽 | 5.3% | 3.9% | 約26.1% |
| 宿泊業・飲食サービス | 7.1% | 4.7% | 約23.5% |
| 不動産業・物品賃貸業 | 5.2% | 3.4% | 約23.2% |
業種別採択率は応募・採択構成比から編集部で算出（全体採択率35.5%基準）。出典: 事業再構築補助金事務局公表PDF。
製造業（52.4%）と宿泊飲食業（23.5%）の差は約29ポイント。設備投資の蓋然性・付加価値計算の明確さが製造業を有利にし、宿泊飲食業は新規性の説明が難しい構造的不利が続いています。
第13回 都道府県別 採択率TOP10・WORST10（公式PDFから算出）
| 順位 | 採択率TOP10 | 応募/採択 | 採択率WORST10 | 応募/採択 |
|---|---|---|---|---|
| 1位 | 石川県 | 33/23（69.7%） | 青森県 | 10/0（0.0%） |
| 2位 | 長崎県 | 30/16（53.3%） | 鳥取県 | 6/1（16.7%） |
| 3位 | 茨城県 | 62/32（51.6%） | 鹿児島県 | 22/4（18.2%） |
| 4位 | 広島県 | 68/35（51.5%） | 岩手県 | 10/2（20.0%） |
| 5位 | 高知県 | 6/3（50.0%） | 福島県 | 15/3（20.0%） |
| 6位 | 宮崎県 | 25/12（48.0%） | 和歌山県 | 31/7（22.6%） |
| 7位 | 滋賀県 | 41/19（46.3%） | 沖縄県 | 39/9（23.1%） |
| 8位 | 神奈川県 | 124/57（46.0%） | 北海道 | 84/20（23.8%） |
| 9位 | 新潟県 | 48/22（45.8%） | 岡山県 | 38/10（26.3%） |
| 10位 | 群馬県 | 44/20（45.5%） | 千葉県 | 85/23（27.1%） |
出典: 事業再構築補助金事務局 第13回公募結果PDF（令和7年6月）から編集部で集計。応募数20件未満の県（高知・鳥取・島根等）は標本数が少なく統計的揺らぎあり。
第13回 都道府県別 完全データ（47都道府県）
| 都道府県 | 応募 | 採択 | 採択率 | 都道府県 | 応募 | 採択 | 採択率 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 84 | 20 | 23.8% | 滋賀県 | 41 | 19 | 46.3% |
| 青森県 | 10 | 0 | 0.0% | 京都府 | 112 | 39 | 34.8% |
| 岩手県 | 10 | 2 | 20.0% | 大阪府 | 308 | 121 | 39.3% |
| 宮城県 | 44 | 20 | 45.5% | 兵庫県 | 145 | 43 | 29.7% |
| 秋田県 | 12 | 4 | 33.3% | 奈良県 | 37 | 14 | 37.8% |
| 山形県 | 11 | 4 | 36.4% | 和歌山県 | 31 | 7 | 22.6% |
| 福島県 | 15 | 3 | 20.0% | 鳥取県 | 6 | 1 | 16.7% |
| 茨城県 | 62 | 32 | 51.6% | 島根県 | 7 | 2 | 28.6% |
| 栃木県 | 31 | 11 | 35.5% | 岡山県 | 38 | 10 | 26.3% |
| 群馬県 | 44 | 20 | 45.5% | 広島県 | 68 | 35 | 51.5% |
| 埼玉県 | 86 | 28 | 32.6% | 山口県 | 21 | 7 | 33.3% |
| 千葉県 | 85 | 23 | 27.1% | 徳島県 | 20 | 6 | 30.0% |
| 東京都 | 601 | 178 | 29.6% | 香川県 | 20 | 8 | 40.0% |
| 神奈川県 | 124 | 57 | 46.0% | 愛媛県 | 24 | 7 | 29.2% |
| 新潟県 | 48 | 22 | 45.8% | 高知県 | 6 | 3 | 50.0% |
| 富山県 | 16 | 6 | 37.5% | 福岡県 | 112 | 32 | 28.6% |
| 石川県 | 33 | 23 | 69.7% | 佐賀県 | 16 | 6 | 37.5% |
| 福井県 | 17 | 6 | 35.3% | 長崎県 | 30 | 16 | 53.3% |
| 山梨県 | 36 | 11 | 30.6% | 熊本県 | 44 | 12 | 27.3% |
| 長野県 | 49 | 14 | 28.6% | 大分県 | 33 | 9 | 27.3% |
| 岐阜県 | 73 | 26 | 35.6% | 宮崎県 | 25 | 12 | 48.0% |
| 静岡県 | 112 | 46 | 41.1% | 鹿児島県 | 22 | 4 | 18.2% |
| 愛知県 | 231 | 99 | 42.9% | 沖縄県 | 39 | 9 | 23.1% |
| 三重県 | 61 | 24 | 39.3% | 合計 | 3,100 | 1,101 | 35.5% |
出典: 事業再構築補助金事務局 第13回公募結果PDF（令和7年6月）p.3より編集部集計。
補助金申請額レンジ別の採択率（第13回公式）
| 申請額レンジ | 応募 | 採択 | 採択率 |
|---|---|---|---|
| 100〜500万円 | 225 | 40 | 17.8% |
| 500〜1,000万円 | 495 | 143 | 28.9% |
| 1,000〜1,500万円 | 485 | 177 | 36.5% |
| 1,500〜2,000万円 | 561 | 193 | 34.4% |
| 2,000〜3,000万円 | 605 | 262 | 43.3% |
| 3,000〜4,500万円 | 175 | 96 | 54.9% |
| 4,500〜6,000万円 | 78 | 50 | 64.1% |
| 6,000〜8,000万円 | 59 | 30 | 50.8% |
| 8,000万〜1億円 | 67 | 44 | 65.7% |
| 1億円以上 | 60 | 26 | 43.3% |
小額申請（100〜500万円）は採択率17.8%と最低。中〜高額帯（3,000〜10,000万円）は50%超。事業計画の蓋然性が金額の大きさに比例する傾向。出典: 事業再構築補助金事務局PDF。
認定経営革新等支援機関の活用率（公式）
第13回応募事業者のうち約50%が認定経営革新等支援機関の事業計画書策定支援を受けています（事務局公表）。第10回の36.6%、第11回42.5%、第12回46.7%と回を追うごとに上昇。「自力申請」より「専門家伴走型」が主流になっており、未活用での申請は競合条件で不利になりつつあります。
第11回以降の採択率急落は、申請内容の『新規性』審査が厳格化されたため。新事業進出補助金もこの厳格化路線を引き継いでいるため、業態転換のロジックは2軸新規（市場×製品）で組むのが現代の鉄則です。
確定検査・現地調査・5年フォローアップの実態
採択後にこそ難所が来ます。事業再構築補助金は、採択後に確定検査・現地調査でつまずいて減額決定になった事例が多数報告されています。
現地調査の実施状況
- 補助金額1,500万円以上は原則現地調査あり
- 建物費を含む案件は必ず現地調査
- 無作為抽出による抜き打ち調査も実施（補助金額に関わらず対象）
- 5年フォローアップ期間中も事業化状況の現地確認が入る
確定検査でよくある減額・不採択事例
| 指摘事項 | 処分 | 回避策 |
|---|---|---|
| 3社相見積なし（50万円超） | 当該経費全額対象外 | 発注前に必ず3社 |
| 請求書と現物のスペック相違 | 差額分減額 | 納品時写真撮影 |
| 補助対象資産の目的外使用 | 一部または全額返還 | 使用記録の作成 |
| 建物の用途違反（既存事業利用） | 建物費全額返還 | 図面で区画明示 |
| 領収書原本紛失 | 当該経費対象外 | 10年保管・電子化 |
| 資産の無届け処分 | 残存簿価相当返還 | 事務局事前承認 |
| 付加価値額3年連続未達 | 補助金一部返還 | 計画変更申請 |
5年フォローアップ報告の実務
- 事業終了の翌年度から毎年1回、Jグランツから提出
- 提出項目：新規事業売上、付加価値額、給与支給総額、雇用者数、補助対象資産の状況
- 提出期限：原則決算日から3ヶ月以内
- 未提出は督促→改善されない場合は補助金返還命令
注意
事業化状況報告は5回分（5年）連続提出が必須。担当者の退職・経理担当変更で提出漏れが起き、返還命令を受ける事例が多発しています。Jグランツの通知メールアドレスを個人ではなく経理共通アドレスに設定するのが鉄則。
採択時に組んだブリッジローンの返済戦略
事業再構築補助金の採択者の多くは、商工中金・地銀・信用保証協会経由でつなぎ融資を組んでいます。事業終了後に補助金が入金されたタイミングで、「一括返済か分割継続か」の判断が分かれます。
選択肢1：補助金入金で一括返済
- メリット：金利負担ゼロ、貸借対照表のスリム化
- デメリット：手元キャッシュが減り、運転資金が一気に圧迫
- 適する局面：自己資金が潤沢で当面の運転資金に不安なし
選択肢2：分割返済を継続（補助金は手元に温存）
- メリット：手元キャッシュ維持、追加投資余力
- デメリット：金利負担が継続（年1〜2%）
- 適する局面：新規事業の運転資金がまだ必要、複数事業を並走
選択肢3：低金利の長期借換え
- 補助金入金タイミングで、つなぎローンを長期運転資金に借換え
- 金利を下げる（1.5%→0.8%など）または保証協会付に切り替え
- 経営者保証ガイドライン適用で保証外しを交渉する好機
判断のフレーム
| 状態 | 推奨 |
|---|---|
| 新規事業が黒字化、運転資金潤沢 | 一括返済 |
| 新規事業立ち上げ初期、追加投資予定 | 分割継続 |
| 金利1.5%超で長期借入が割高 | 借換え |
| 経営者保証を外したい | 借換え＋ガイドライン適用 |
判断は税理士・FP・銀行担当との3者で行うのが定石。IKIGAI TOWN の無料FP相談でも、補助金入金後の財務再構築の相談を受け付けています。
採択済み事業者の実務事例（構成事例3件）
構成事例について
以下は実際の採択者の相談内容を踏まえた構成事例（仮名）です。プライバシー保護のため業種・規模・地域・数値は再構成しています。
事例1｜現地調査でシリアル番号不一致を指摘 → 減額回避
仮名：愛知県の製造業 中部精密工業（採択額3,200万円）
- 状況：採択後、補助対象機械（CNC旋盤）の納品時に、業者の手違いで請求書記載と異なるシリアル番号の同型機が納品。気づかず確定検査で指摘。
- 対応：業者から訂正請求書・差替え証明書を取得、機械が同型・同価格で実質差異なしを文書で示し、写真で稼働状況も提出。
- 結果：減額なしで全額確定。納品時のシリアル番号撮影が無ければ詰んでいた事例。
事例2｜付加価値額3年連続未達で計画変更承認 → 返還回避
仮名：北海道の宿泊業 ニセコウィングスホテル（採択額6,800万円）
- 状況：コロナ後の訪日回復ペースが想定より遅く、付加価値額が当初計画の年率3%増を3年連続未達。事務局から計画変更を促す通知。
- 対応：FP・税理士・行政書士の3者で計画変更申請を作成。市場前提を国際情勢に合わせて修正、回復シナリオを5年→7年に延長、目標を年率2.5%に下方修正。
- 結果：計画変更承認、返還回避。未達が見えた時点で早めに動くのが最大のポイント。
事例3｜建物の用途違反指摘 → 区画明確化で対応
仮名：福岡県の小売業 もも子マルシェ（採択額2,100万円）
- 状況：補助対象として改修した建物の一部を、既存事業（青果店）の在庫保管に流用していると現地調査で指摘。
- 対応：建物図面を再作成し、補助対象区画と既存事業区画を明確にゾーニング、物理的にパーテーション設置。利用記録の運用ルールを文書化。
- 結果：建物費の一部減額（約200万円）にとどまり、全額返還を回避。図面のゾーニング不明確が最大の落とし穴。
編集長の実体験から
私自身、事業再構築補助金で採択された後の確定検査・5年フォローアップ報告を実体験しています。「採択がゴール」と思って気を抜くと、3年目あたりで指摘事項が累積し、最悪の場合は全額返還になります。本記事はその経験を踏まえて、申請段階では見えない『採択後の落とし穴』を体系化したものです。
よくある質問（FAQ）
Q. 事業計画を大幅に変更したい場合は？
A. Jグランツから「事業計画変更承認申請」を提出。事業内容の根幹を変える場合は採択取消・返還の可能性もあるため、事前に事務局窓口に相談を。
Q. 補助対象資産（建物・機械）を売却したい
A. 耐用年数内（建物：法定耐用、設備：5〜10年）は事務局承認が必要。無断売却は補助金返還になります。
Q. 廃業します。どうすれば？
A. 廃業前に事務局へ報告。残存簿価相当額の返還が原則ですが、不可抗力（経営者死亡・災害）等は減免の余地あり。
出典・改訂履歴・免責事項を見る
本ページの制度概要・要件・税率は、以下の公式情報を編集部が確認のうえ整理しています（執筆時点）。最新かつ正確な情報は必ず各公式サイトでご確認ください。FPは記事を直接監修してはおらず、関連テーマでご相談を受けるFPとしてご紹介しています。
最終確認日：2026年4月26日
※本記事は2026年4月時点の一般的な情報であり、個別の税務・経営・法務相談に代わるものではありません。各制度の適用要件・税額は個人の状況により異なります。実行にあたっては、必ず公式情報および税理士・社労士・FP・弁護士など専門家にご相談ください。本記事の情報により生じたいかなる損害についても、当サイトでは責任を負いかねます。